Siesikų ežeras yra paskutinio ledynmečio suformuoto kraštovaizdžio dalis. Praeityje jis buvo gerokai didesnis, o jo vandenys dengė žemumas, kurios šiandien yra užpelkėjusios arba virtusios sausuma.
Ežero apylinkėse žmonės gyveno skirtingais priešistorės laikotarpiais, čia rasta akmeninių kirvukų, gintaro ir kitų radinių, o Lokinės piliakalnyje aptikta ir ankstyvosios geležies metalurgijos pėdsakų. Tai leidžia manyti, kad prie ežero buvo susiformavęs savotiškas krašto centras, kuriame telkėsi bendruomenės, technologijos ir susisiekimo keliai. Tikėtina, kad šis vaidmuo išliko ir vėliau, kai čia ėmė kurtis Siesikų gyvenvietė, o ilgainiui iškilo pilis.
Į šiaurę nuo senojo Siesikų ežero driekiasi Plačiavos pelkė – didelio senovinio ežerinės kilmės pelkyno liekana. Ji galėjo pradėti formuotis apie 3200 m. pr. m. e. XVIII a. šaltiniuose rašoma, kad pelkė driekėsi apie 16 km, turėjo daug atšakų ir buvo sunkiai įveikiama.
Pelkės apsuptyje įrengti du I tūkst. m. e. datuojami piliakalniai – Laičių ir Saliečių. Tarp jų aptiktos maždaug 1 m pločio akmenimis grįstos kūlgrindos liekanos, slūgsančios apie 2 m gylyje. Kasant durpes kūlgrinda sunaikinta.